เจ้าบุญทวงษ์ เป็นโอรสในพระยาราชวงศ์ (มหาพรหมคำคง) กับแม่เจ้าคำหล้า และมีศักดิ์เป็นหลานของพระยาคำฟั่น เจ้าผู้ครองนครเชียงใหม่ องค์ที่ 3 มีราชอนุชาและราชขนิษฐา ร่วมราชบิดา 16 พระองค์ มีพระนามตามลำดับ ดังนี้

• พระเจ้าอินทวิชยานนท์ พระเจ้านครเชียงใหม่ องค์ที่ 7
• เจ้าอุปราชบุญทวงษ์ เจ้าอุปราชนครเชียงใหม่ -
• เจ้าราชภาติกวงศ์ น้อยเทพวัง เจ้าราชภาติกวงศ์นครเชียงใหม่
• เจ้าน้อยไชยลังกา
• เจ้าหญิงฟองนวล
• เจ้าหญิงดวงเทพ
• เจ้าหญิงบุญฝ้าย
• เจ้าหญิงคำทิพย์
• เจ้าน้อยไชยวงศ์
• เจ้าดวงทิพย์ - เจ้าปู่ใน "เจ้าทิพย์สมาตย์ ณ เชียงใหม่" "คุณหญิง เจ้าฉมชบา (ณ เชียงใหม่) วรรณรัตน์" "เจ้าวัฒนา (ณ เชียงใหม่) โชตนา"
• เจ้าบุญสม
• เจ้าหญิงบัวใส
• เจ้าหญิงบัวเที่ยง
• เจ้าหญิงกาบเมือง
• เจ้าน้อยอ๋อ
• เจ้าหญิงแว่นคำ

โอรส

เจ้าบุญทวงษ์ สมรสกับเจ้าฟองแก้ว มีโอรส 4 พระองค์ คือ

• เจ้าสิงห์โต
• เจ้าโสรส
• เจ้าราชบุตร (คำตื้อ)
• เจ้าแสงเมือง